El técnico mexicano sólo ha ganado dos veces el Barça de las 16 que se ha enfrentado, una cuando dirigía al Osasuna y otra cuando estaba en el Atlético de Madrid. El resultado más amplio a favor del Barça es un 0-6 en el Calderón, la mejor marca de Aguirre, un 4-2 también en el estadio del Manzanares
El día de Reyes llegaba el Espanyol al Camp Nou. En el que era el primer partido del año y el primer derby de la temporada, volvía al banquillo visitante Javier Aguirre, un técnico que se ha enfrentado 16 veces al equipo azulgrana y sólo se ha llevado los tres puntos en dos ocasiones. En los 16 partidos del Barça contra equipos entrenados por el técnico mexicano se han producido 10 victorias culés, 4 empates y 2 victorias de Aguirre. El partido deparó una nueva derrota para el técnico mexicano, a la media hora el Barça ya ganaba 4-0 en un partido de claro dominio culé. Pedro (2), y dos más injustamente anulados, Xavi Hernández y Leo Messi, de penalti, fueron los goleadores del partido.
Empate en los tres primeros enfrentamientos. Los tres primeros duelos entre Aguirre y los culés acabaron con empate. El curso 2002/03 se repitió el mismo resultado entre Osasuna y Barça, primero en el Camp Nou y, posteriormente, en el Reyno de Navarra (el encuentro acabó con empate a dos). El trío de empates se completó la temporada siguiente, cuando, nuevamente en el Camp Nou, azulgranas y navarros acabaron 1-1.
Póquer de victorias. Desde entonces el mexicano vio como el Barça le tomaba la medida a su Osasuna y encadenaba cuatro triunfos consecutivos a las órdenes de Rijkaard. De hecho, la primera victoria de'' El Vasco 'no llegó hasta el ejercicio 2005/06, cuando un 2-1 le dio los tres puntos en lo que sería su último duelo ante los culés en el banquillo del Reyno de Navarra.
Cinco derrotas, una victoria y un empate con el Atlético. Tras dejar atrás su etapa en Osasuna, Javier Aguirre se volvió a ver las caras con el FC Barcelona hasta seis veces más, cuatro al frente del Atlético de Madrid y dos en Zaragoza. Con el conjunto colchonero, el actual entrenador del Espanyol arrancó un punto del Camp Nou el 21 de diciembre de 2006. La venganza culé, sin embargo, fue contundente, ya que en aquella misma temporada le hizo seis al Atlético a domicilio, en la que ha sido hasta ahora la goleada más amplia del Barça a Aguirre. La única vez que 'El Vasco' se impuso a los culés con el cuadro madrileño fue el curso 2007/08, por 4-2, en lo que sería su último triunfo. El resto, victorias del Barça por 3-0 y 6-1. Cuando ya dirigía el Zaragoza, el conjunto catalán se deshizo de los aragoneses por 1-0 y 4-0 en el Camp Nou.