Una contractura en los isquiotibiales le apartó de la final de Copa. El '5' azulgrana volvió a jugar en la vuelta de las semifinales de la Champions (3 de mayo), actuando como lateral izquierdo por los problemas físicos de Abidal, Adriano y Maxwell. Los últimos minutos de Carles Puyol fueron los instantes definitivos de la final de Wembley.
Una vez finalizada la competición pasó por el quirófano. El 1 de junio se sometió a una artroscopia para extraer un cuerpo libre cartilaginoso proveniente de la tróclea femoral. Esta vez se han cumplido los plazos de recuperación y, tres meses y ocho días más tarde, Carles Puyol vuelve a estar disponible.
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