El defensa central llegó al FC Barcelona en el año 2008, procedente del Recreativo de Huelva, club al que estaba cedido por el Villarreal. Tras formar parte del Barça del triplete, el defensa central fue cedido, el año 2009, a la Juventus. Cuando había transcurrido el año del período de cesión, volvió a Barcelona. En agosto de 2010 Martín Cáceres volvía a ser cedido, con opción a compra, al Sevilla, que finalmente ha ejercido su derecho.
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